La nivelul județului Botoșani au fost desemnate, prin Legea 5/2000 - privind aprobarea Planului de amenajare a teritoriului naţional - Secţiunea a III-a - zone protejate, 8 rezervații și monumente ale naturii, din care 4 de tip forestier și 4 de tip floristic.

De asemenea, pe teritoriul județului Botoșani sunt 16 situri Natura 2000, din care:

- 6 arii de protecție specială avifaunistică (Iazurile de pe valea Ibănesei–Başeului -Podrigăi, Lacul Stânca Costeşti, Acumulările Rogojesti-Bucecea, Dorohoi-Şaua Bucecei, Iazul Mare-Stăuceni-Dracșani, Mlaștina Iezerul-Dorohoi)), desemnate prin HG nr. 971/ 2011 pentru modificarea și completarea HG nr. 1284/2007 și prin HG nr 663/2016, pentru protecția a 90 de specii de păsări de interes conservativ și a habitatelor acestora;

- 10 situri de importanță comunitară (Pădurea Ciornohal, Dealul Mare-Hârlău, Pădurea Zamostea-Lunca, Stânca-Ştefăneşti, Turbăria de la Dersca, Siretul Mijlociu-Bucecea, Suharău-Darabani, Albești, Cordăreni-Vorniceni, Manoleasa), declarate prin Ordinul MMP nr. 2387/2011 pentru modificarea și completarea Ordinului MMDD nr.1964/2007 și prin Ordinul MMAP nr 46/2016, pentru protecția a 4 specii de floră și 20 specii de faună de interes conservativ, precum și 11 tipuri de habitate naturale de interes comunitar.