Dintre rezervațiile naturale din județul Călărași amintim RONPA0871 Ostrovul Haralambie (reprezintă un ostrov, o insulă, pe fluviul Dunăre, ce asigură condiții de hrană și viețuire pentru mai multe specii de păsări, mamifere, reptile și amfibieni; cu floră și faună diversificată, specifice zonelor umede), RONPA0872 Ostrovul Ciocănești (este reprezentată de o insulă a Dunării, complet acoperită de vegetație, plopul alb, salcie, ulm, carpen, cătină roșie și albă, firuță, izmă, pir, iarba grasă etc), RONPA0870 Ostrovul Șoimul, RONPA0340 Pădurea Ciornuleasa (a fost instituita pentru conservarea unui arboret de frasin Fraxinus excelsior si stejar brumăriu Querqus pedunculiflora, exemplarele acestor specii având vârste de peste 120 ani). Au fost înființate in baza Hotărârii de Guvern Nr. 2151 din 30 noiembrie 2004 sau a Legii nr. 5/2000 privind aprobarea Planului de amenajare a teritoriului național - Secțiunea III - Zone protejate.  

Ariile de protecție specială avifaunistică (ROSPA0021 Ciocănești – Dunăre, ROSPA0051 Iezerul Călărași, ROSPA0039 Dunăre – Ostroave etc) au fost instituite în baza HG nr. 1284/2007 privind declararea ariilor de protecție specială avifaunistică ca parte integrantă a rețelei ecologice europene Natura 2000 în România, modificată prin HG nr. 971/2011.

Siturile de importanță comunitară (ROSCI0022 Canaralele Dunării, ROSCI0131 Oltenița – Mostiștea – Chiciu etc) și au fost declarate prin Ordinul ministrului mediului și dezvoltării durabile nr. 1964 din 13 decembrie 2007 modificat prin Ordinul ministrului mediului și pădurilor nr. 2387/2011.